1、全球变化影响下我国主要陆地生态系统的脆弱性与适应性研究－第3课题：陆地生态系统的脆弱性与适应性及其对未来气候变化的响应－第1专题：我国陆地生态系统响应全球变化的植物信号和生态证据(国家重点基础研究发展计划项目－全球变化重大研究计划，2010CB951303，专题主持，2010.06-2014.12)
2、西南喀斯特山地石漠化与适应性生态系统调控：第7课题－喀斯特生态系统生产力维持机制和适应性修复(国家重点基础研究发展计划项目，2006CB403207，课题主持，2006.09-2010.10)
3、新疆天山中段植被演变研究(国家自然科学基金重点项目－中国西部环境和生态科学重大研究计划，90102009，主持，2002.01-2005.12)
4、西部生态环境演变规律与水土资源可持续利用研究：课题5－西部干旱区生物多样性变化模式研究：专题1－2000年来新疆中部历史时期植物种类与植被动态的古生物学研究(中国科学院知识创新西部行动重大项目，KZCX1-10-05，专题主持，2001.09-2004.12)
5、中国西部干旱区生态环境演变与调控研究：课题7－西部干旱区生态环境演变趋势预测研究：专题2－西部干旱区生态区划(国家重点基础研究发展规划项目，G1999043507，专题主持，1999.10-2004.10)
6、中国陆地生态系统的净第一性生产力和碳储量：综合与模拟(国家自然科学基金面上项目，39970154，主持，2000.01-2002.12)
7、中国自然地理区域系统及其在全球变化研究中的应用(国家自然科学基金重点项目，49731020，专题主持，1998.01-2000.12)
8、利用古生态数据恢复重建陆地生物群区(国家自然科学基金青年基金项目，39700018，主持，1998.01-1999.12)
9、Vegetation-based climate reconstruction for the Tibetan Plateau: integrating vegetation modelling and pollen data reanalyses (German Research Foundation (DFG) Schwerpunktprogramm 1372 “Tibetan Plateau: Formation – Climate – Ecosystems (TiP)”, 2010.07-2013.06)
10、Vegetation changes during the last 400 years in northern Yakutia, Arctic Russia: Evidence from pollen analysis and vegetation modeling (German Research Foundation (DFG), 2008.04-2010.03)
11、Vegetation, climate, man - Holocene variability in monsoonal Central Asia (German Research Foundation (DFG) Schwerpunktprogramm 1266 “Integrierte Analyse zwischeneiszeitlicher Klimadynamik (INTERDYNAMIK)”, 2007.07-2011.12)